Белозерск в Х — XIV вв.— один из основных торгово-ремесленных центров севера Руси, здесь скрещивались важнейшие торговые пути. Управлялся Рюриковичами из Новгорода, Киева, затем перешел под власть ростовских князей. В 1238 после смерти кн. Василька Константиновича его мл. сын Глеб объединил белозерские земли. Белозеры одними из первых откликнулись на призыв московского князя Дмитрия Донского дать отпор Мамаю. После Куликовской битвы Белозерское княжество присоединяется к Москве. Находясь на месте пересечения важнейших торговых путей, Белозерск в 15–16 вв. играет существенную роль в системе как российских, так и международных торговых отношений. В 1553 году повелением Ивана Грозного в городе строится первая каменная церковь-храм Успения Божьей матери, сохранившейся до наших дней. В период Смутного времени край подвергся нападению поляков, учинивших страшное разорение.
В 17 столетии, в связи с переносом торговых путей, значение Белозерска падает. В 1719 году Белоозеро становится провинциальным городом Санкт-Петербургской, а с 1727 года — Новгородской губернии. В 1777 году по указу Екатерины II Белоозеро переименовывается. Историческая планировка 18–19 вв. с многочисленными архитектурными памятниками сохранилась до настоящего времени. Следующий период жизни края связан с сооружением в 1810 году Мариинской водной системы, давший толчок к дальнейшему развитию Белозерска. В 1846 году строится уникальное гидротехническое сооружение — Белозерский обводной канал, обеспечивший безопасное движение судов через Белое озеро. В этот период Белозерск активно развивается — на деньги местных купцов строятся многочисленные церкви, возводятся каменные и деревянные дома, появляются новые торговые ряды.
Белозерский район образован по постановлению Президиума ВЦИК 1 августа 1927 года в составе Череповецкого округа Ленинградской области. С образованием Вологодской области (постановление ЦИК СССР от 23.09.1937г.) Белозерский район вошел в ее состав.
С 1 июня 2022 года вступил в силу закон Вологодской области от 06.05.2022 №5120-ОЗ «О преобразовании всех поселений, входящих в состав Белозерского муниципального района Вологодской области, путем их объединения, наделении вновь образованного муниципального образования статусом муниципального округа и установлении границ Белозерского муниципального округа Вологодской области». Результаты преобразования: 1 муниципальное образование (вместо 7), 1 - представительный орган (вместо 7), 1 - администрация (вместо 7) с территориальными органами на поселенческом уровне и 1 глава муниципального образования (вместо 7). Создание муниципального округа не повлекло к изменению наименований населенных пунктов.
